小提琴琴盒哪些品牌的比较高质量？BAM怎么样？性价比如何？
钢琴素有“乐器之王”的美誉，它的音域范围之广几乎概括了音乐体系中的所有乐音，在国外1730年就有了第一份钢琴草图，然而在中国钢琴也早在18世纪就已开始。钢琴在全世界的音乐地位都极高，它从侧面反映了社会进步发展和人们精神世界不断丰富的状况。近几年国内钢琴艺术家领袖的一位位崛起，例如郎朗，李云迪等等都引领着新一代青少年的音乐特长学习热潮。在时代钢琴城，每天都可以看到接踵而至的少儿在家长的陪同下来选琴。
越来越多的中国家长和年轻爱好者对钢琴这种乐器爱不释手，然而说实话在很多中国家庭目前来讲，刚刚可以接受学琴的费用，但是添置一台钢琴，一台好的钢琴上档次的，音效棒的钢琴还是存在有一定的压力，是一个大物件。那么如何真正正确的挑选钢琴，又怎么样分辨出性价比高的好琴呢？我们从时代钢琴城了解到，除了专业学习钢琴的音乐人才，大部分少儿学习钢琴的家长其实对钢琴并不了解，在挑选钢琴的时候更是很迷茫无助。
时代钢琴城给我们提供以下几个性价比高的品牌和不同预算型号，想为孩子挑选好琴的朋友可以认真看看，对买琴一定有帮助的哦。
首先值得一提的是国产的大品牌珠江钢琴集团的珠江钢琴，这家企业从传统的生产制造型积极转型成为有自主科技做支撑，拥有自主知识产权，并且创立自主品牌的权威钢琴制造商，同时珠江钢琴集团是拥有全球最大的木材加工基地，并且有独有的木材处理技术。最可贵的是，作为中国本土钢琴品牌，珠江钢琴的售价十分亲民，造型也十分新颖简约，适合中国多数家庭的配置，在音效上也毫不逊色。珠江钢琴UP120L，售价16300元左右。此款型号可以说是珠江旗下钢琴的销售冠军，简约大方的造型加上多层色木板制作的琴弦弦码，无可替代的俄罗斯木材，连踏板都是实木制造，在性价比方面远远超出了其它品牌的配置。另一款珠江艾茉森电钢琴型号prk－80，目前售价6000元出头，在时代钢琴城也是珠江钢琴品牌的明星产品，它的设计风格大胆，音效考究，体积轻盈。在各种表演会场经常出现，更是少儿新学钢琴时入门级的首选款型。
说完珠江钢琴，时代钢琴城还有一款人们并不陌生的钢琴热卖品牌，“雅马哈”（Yamaha），雅马哈钢琴制造早在100多年前就已经开始了。关于雅马哈值得推荐的性价比高的两个款式钢琴，一款是ya121ex peg，另一款则是ya128ex。第一款是售价在27000左右，时代钢琴城正在对它进行特惠活动。它采用平衡加铅技术，增加了更加接近三角钢琴的键长，保证了弹奏时的稳定性。第二款的售价在29000左右，是特质的内衬弦q。
性价比高的第三个品牌，星海钢琴，中华老字号，它的名字早已被大众熟知了。从1949年起星海钢琴就一直伴随着人们，第一款8000元左右的星海xu118t，是传统造型的黑色立式钢琴，声音质朴浑厚，十分有韵味。第二款则是12000左右的t21型号，用最先进的干燥技术，将精准度达到0.05毫米，惊人的工艺将品质提升到顶级的高度。
Saphony高档三角小提琴盒乐团专用玻璃钢盒双弓夹款还可以，起码外观设计上简洁又时尚。bam是牌子货，自然是极好的，但想要一个自己喜欢的，就实在是太贵了。
SAM/BAM相关的进阶知识
目录
samtools 和 picard 都有对SAM/BAM文件进行排序的功能，一般都是基于坐标排序（还提供了 -n 选项来设定用reads名进行排序），先是对chromosome/contig进行排序，再在chromosome/contig内部基于start site从小到大排序，对start site排序很好理解，可是对chromosome/contig排序的时候是基于什么标准呢？
基于你提供的 ref.fa 文件中的chromosome/contig的顺序 。当你使用比对工具将fastq文件中的reads比对上参考基因组后会生成SAM文件，SAM文件包含头信息，其中有以 @SQ 开头的头信息记录，reference中有多少条chromosome/contig就会有多少条这样的记录，而且它们的顺序与 ref.fa 是一致的。
当使用samtools或picard对SAM/BAM文件进行排序时，这些工具就会读取头信息，按照头信息指定的顺序来排chromosome/contig。所以进行排序时需要提供包含头信息的SAM/BAM文件。
那么 普通情况下我们的chromosome/contig排序情况是什么样的?
一般情况下在进行SAM文件的排序时，染色体的排序到底是按照哪种规则进行排序的，不是一个很重要的问题，也不会对后续的分析产生影响，但是在执行GATK流程时，GATK对染色体的排序是有要求的，必须按照从chr1开始到chr22，最后是chrX和chrY这样的顺序，否则会报错
面对这样变态的要求，我们怎么解决？
在构造ref.fa文件时，让它按照从chr1开始到chr22，最后是chrX和chrY这样的顺序进行组织就可以了：
FLAG列在SAM文件的第二列，这是一个很重要的列，包含了很多mapping过程中的有用信息，但很多初学者在学习SAM文件格式的介绍时，遇到FLAG列的说明，常常会一头雾水
what?还二进制，这也太反人类的设计了吧！
不过如果你站在开发者的角度去思考这个问题，就会豁然开朗
在mapping过程中，我们想记录一条read的mapping的信息包括：
这些信息总结起来总共包括以下12项：
而每一项又只有两种情况，是或否，那么我可以用一个12位的二进制数来记录所有的信息，每一位表示某一项的情况，这就是原始FLAG信息的由来，但是二进制数适合给计算机看，不适合人看，需要转换成对应的十进制数，也就有了我们在SAM文件中看到的FLAG值
但是FLAG值所包含信息的解读还是要转换为12位的二进制数
SAM格式文件的第3和第7列，可以用来判断某条reads是否比对成功到了基因组的染色体，左右两条reads是否比对到同一条染色体
有两个方法可以提取未比对成功的测序数据：
对于PE数据，在未比对成功的测序数据可以分成3类：
看完这一部分，是不是有一个感觉： FLAG玩得溜，SAM文件可以处理得出神入化
首先，思考一个问题： 对于PE数据，一条测序片段（fragment）有read1和read2两条测序片段，它们俩的名字相同，那么对于这一条测序片段，对它进行mapping之后得到的SAM文件中会出现几条记录呢？
对于我的这个假设可以用以下的方法进行验证：
上面的测试结果与我们的假设吻合
但是在一次处理三代测序数据（三代测序数据是Single-End）中发现了不同：
在输出中出现了一些不太和谐的结果：有极少部分的QNAME对应2条以上的记录，这意味着存在一条read会有多条比对记录的情况，why？
对这个与预期不完全相符的结果，尝试去寻找里面的原因，其间进行了各种各样的推理、假设、验证，最终在 李恒的github 中找到了答案
这种情况容易在三代测序数据中出现
如果你用的是Single-End的数据，那么差异应该比较小，不会太明显，而在Pair-End上差异可能会比较大，之所以会产生这些差异，原因有两点：
从上面列出的两点差异可以看出，mpileup默认输出的是高质量的覆盖深度，这是有历史原因的：当场mpileup功能被开发出来就是为了与bcftools组合，将samtools mpileup的输出作为bcftools的输入用于下游的snp-calling，当然需要保证数据的质量
当然可以通过设置对应的参数使得它的属于结果与depth的一致，但是不推荐这么做
下面是对同一个样本的paired-end Fastaq文件比对结果（比对使用hisat2），hisat2和samtools分别给出的mapping rate的统计
hisat2：
samtools flagstat：
从上面可以看出，hisat2给出的mapping rate为85.40%，而samtools给出的为86.32%，两个的统计结果不一样，而且samtools的统计会大一些，what？
介四什么鬼？
我们来简单地分析一下：
hisat2中，
samtools中，
计算没问题，那问题出在哪呢？
有没有注意到上面的两个式子中的分子和分母，计算它们的差值：
分子：
分母：
发现了没有，它们的差值正好都等于samtools flagstat的输出结果的第二行：
所以，hisat2和samtools计算mapping rate的公式实际上分别为：
一般来说，我们想得到的是hisat2计算公式所得到的统计结果，hisat2统计结果在比对结束后会以标准错误形式给出，我们可以将标准错误重定向到一个log文件中，但是如果我们忘了保持这个统计结果，怎么办？
最简单的办法就是重新跑一遍hisat2，但是这样太耗费时间和计算资源了，这时我们可以利用samtools flagstat对SAM文件的统计结果，以及它的部分统计值与hisat2计算公式的关系，快速地算出准确的mapping rate：
参考资料：
(1) 【】从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第5节 理解并操作BAM文件
(2) 【生信技能树】【直播】我的基因组（十五）:提取未比对的测序数据
(3) BWA's README in github
(4) 【】黄树嘉《样本量重要，还是测序深度重要? 生物信息工程师可以分为多少种类型? |《解螺旋技术交流圈》精华第3期》
(5) 生信媛《HISAT2的比对率计算结果和SAMTools flagstat不同，你想过原因吗？ 》
